Про Христа Флавий и не мог много писать, т.к. к этому времени он уже переметнулся на сторону Рима и был придворным императора. А ученики Христа с самого начала были не в почете как у иудейских элит, так и римлян. Ими уже при Нероне кормили львов.

P.S. Фарисеи в НЗ тоже разные. Полно "положительных" примеров - Гамалиил, Никодим. Да и сам апостол Павел собственно "фарисей из фарисеев"